E13 生物搬砖人对话AI科学家:AI Scientist 会来抢我们饭碗吗?生物解码BioDecoder

E13 生物搬砖人对话AI科学家:AI Scientist 会来抢我们饭碗吗?

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在AI大模型的浪潮里,AI科学家会替代我们吗?我们如何能利用好AI帮助我们?本期我们请到 斯坦福大学博士、Biomni发明者之一、CRISPR-GPT作者 屈元昊(Jerry Qu),聊聊从实验台到电脑前,AI 如何把繁琐工作流程拆解、自动化,成为每位科研人的“AI 小助手”。

本期,我们从生物科研工作者的角度,讨论AI Scientist如何影响我们的工作方式。AI Scientist到底是什么,又是如何被训练出来的?对于不开源文章,不同开发者如何训练AI Scientist?而对于质量有限或者“图片误用”的文章,AI Scientist又如何去分辨?AI Scientist会编造出答案,又如何避免它们去无中生有?

Biomni是一个全能型的科研助手,而CRISPR-GPT是一个基因编辑的小专家。Jerry为何既要做“平台”又要做一个个单点工具?AI Scientist在学习和分析大数据时有独特的优势,但优势相比于人类在哪里;这些AI助手的能力边界又在哪里,他们现在到底是实习生还是博士专家?Biomni这样的全能型科研助手可以帮助我们实现科研的去中心化吗?让科研平民化,使每个人都可以成为提出问题和回答问题的科学家。

时间轴:

(00:00) 时代转换:从 ChatGPT 到 AI Agent,科研工作方式的变化

(07:00) CRISPR-GPT 的起点:将“解题经验”进化成 Agent

(12:20) 什么是 AI Agent:推理 + 行动的双循环

(18:00) 为何做平台:把科研工具当“乐高”拼装

(22:40) 文献可信度与一致性:如何在开源与付费资源之间做一致性判断

(27:40) 读懂图片和数据的难点

(31:40) 打通克隆/组学/结构/记录/搜索等的自动化工作流

(33:44) 走向“生物学 IDE/工作站”

(40:08) 从“实习生”到“专家”的最后一公里:先验与品味

(46:06) AI会不会替代科学家?边界与机会

(52:15) 如何开始使用 Biomni 

一句话总结,AI不会替你做决定,但或许能把重复与繁琐清空,让你把时间花在‘思考问题’上。

本期涉及的AI助手:

1. 基因编辑AI助手:CRISPR-GPT 是首个专为基因编辑设计的 AI 科研助手,能自动生成 sgRNA 设计与实验方案,让 CRISPR 实验更高效、更智能。

Github:github.com

CRISPR-GPT beta program报名:www.surveymonkey.com 

2. 全能型AI科研助手:Biomni 是一个由斯坦福团队开发的 AI 科研工作站,让研究者用自然语言即可完成从文献检索到实验设计与数据分析的全流程科研。

Biomni服务器:biomni.stanford.edu

References:

1. Qu, Yuanhao, Kaixuan Huang, Ming Yin, Kanghong Zhan, Dyllan Liu, Di Yin, Henry C. Cousins et al. "CRISPR-GPT for agentic automation of gene-editing experiments." Nature Biomedical Engineering (2025): 1-14.

2. Huang, Kexin, Serena Zhang, Hanchen Wang, Yuanhao Qu, Yingzhou Lu, Yusuf Roohani, Ryan Li et al. "Biomni: A general-purpose biomedical ai agent." biorxiv (2025).

👥 本期嘉宾介绍

特邀嘉宾

屈元昊(Jerry Qu):斯坦福癌症生物学博士,CRISPR-GPT发明者之一,Biomni发明者之一,长期关注 AI × 生物的可规模化落地。

常驻嘉宾

🔬 可思叮:系统生物学博士,专注于高通量组学与疾病机制解析。目前在湾区一家生物技术公司从事科研工作,热衷于利用大数据解决生物医学难题

🧪 小橙:生物物理学博士,专注蛋白质与小分子相互作用。目前致力于新型靶向癌症疗法的开发,希望推动AI在临床医学中的应用。


展开Show Notes
狲狲
狲狲
2025.11.02
嘉宾和丛老板表达都很清晰,科研优势啊
狲狲:之前就下了crispr gpt,这次听完马上申请biomni。本来不太确定看到文章里有Regav有点放心🐶
haNh_29
haNh_29
2025.10.19
可不可以从评论区抽几个biomni的使用资格😂😂
小橙Ollie
:
哈哈哈,用edu邮箱注册,几率会大很多.
森Blase
森Blase
2025.10.23
Thanks for getting Biomni on my radar screen
小橙Ollie
:
You’re very welcome! Enjoy exploring Biomni! and have fun using CRISPR-GPT for your new MHC-TCR design!
25:53 有时候AI还会给出一些假的文献,煞有介事的给出title,doi,出处,但根本找不到
可思叮
:
对的。不过现在有些AI已经能做到不编造文献了,比如perplexity。但大多的,像我们说的,还是没法找到最关键的文献,因为这些不开源。
二物
二物
2025.10.19
最近使用biomni网页版的时候偶尔会出现上传文件之后网页frozen的状况,不知道是不是因为使用的人很多的原因
小橙Ollie
:
是的,我也会遇到同样的问题。
Dejavu_8
Dejavu_8
2025.11.01
这个网站是免费的吗请问
小橙Ollie
:
是的,只要申请通过
34:06 问个问题,科研结果如果上传到biomni平台,实验结果的保密性如何保证,如果科研思路也可以由biomni提供,发paper时知识产权怎么划分?
小橙Ollie
:
好问题。Biomni 在设计时就很重视数据的安全性和科研成果的知识产权保护。biomni是zero data retention,不会存用户上传的数据。如果科研人员只是利用biomni或其他AI模型辅助思考,算法本身归平台,科研成果和思路属于研究者。如果有帮助的话,平台肯定欢迎credit。总之,Biomni的定位是科研者的小助手。
Gilly_Yang
Gilly_Yang
2025.12.17
所以bio真的非常坑吗?
alphalife
alphalife
2025.10.18
头排占座 哈哈哈哈 非常感谢你们的分享
小橙Ollie
:
谢谢支持!
alphalife:也谢谢你们用心的付出