EP43 新作分享:功能丧失变异被挽救的理由医学遗传前沿

EP43 新作分享:功能丧失变异被挽救的理由

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本期节目围绕“LoF 不致病的理由”展开,从 ACMG的 PVS1 证据出发,梳理了看似致病的蛋白截断变异(PTVs)如何在多种遗传补偿机制下被“挽救”,包括是否发生NMD、转录本选择等,并重点介绍我们发表于 Genes & Diseases(www.sciencedirect.com)的最新研究,提出一种此前未被纳入变异解释体系的机制——splice rescue:PTV 通过引入隐性剪接位点,触发 in-frame 的剪接删除,从而保留部分蛋白功能;结合 Genome Aggregation Database 和 ClinVar 的系统分析及 APC 的实验验证,我们进一步展示了该机制如何影响等位基因频率、降低选择压力并解释轻表型,同时提示在存在 splice rescue 证据时应谨慎下调 PVS1 证据强度,以避免过度诊断并提升变异解读的准确性。

术语列表

LoF(Loss of Function)

功能丧失型变异,即导致基因产物(通常是蛋白)部分或完全失去功能的变异类型。常见形式包括 nonsense、frameshift、canonical splice site 和 start-loss 等。LoF 是否致病取决于该基因是否以功能丧失为致病机制(如 haploinsufficiency)。

PVS1(Pathogenic Very Strong 1)

由 American College of Medical Genetics and Genomics 在 ACMG/AMP 指南中定义的证据等级,表示**“极强致病证据”**。适用于预测为 null variant(如 LoF)的变异,且该基因已知以 LoF 为致病机制。近年来逐渐强调需要根据具体情况对 PVS1 进行分级(如 Very Strong / Strong / Moderate),避免过度判定。

NMD(Nonsense-Mediated Decay)

一种细胞质量控制机制,用于识别并降解含有**提前终止密码子(PTC)**的 mRNA,从而防止产生截短蛋白。通常发生在 stop codon 位于最后一个外显子之前一定距离时;若逃逸 NMD,则可能产生具有部分功能的截短蛋白。

MANE Select(Matched Annotation from NCBI and EMBL-EBI – Select)

由 National Center for Biotechnology Information 和 EMBL-European Bioinformatics Institute 联合制定的标准代表性转录本。每个蛋白编码基因仅选一个 transcript,用于统一变异注释和临床报告,是当前推荐的“默认主转录本”。

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