这篇文章详细评估了 10x Genomics 推出的 Xenium 原位空间转录组平台，旨在通过质量评估和工作流优化来提升数据利用率。研究团队深入分析了涵盖多个物种和组织的 25 个数据集，从检测效率、空间分辨率及数据可重复性等维度将其与其他八种主流空间技术进行了系统对比。研究发现，Xenium 在检测灵敏度上表现卓越，其性能不仅与基于原位杂交（ISH）的技术相媲美，且显著优于传统的 Visium 测序平台。此外，文章还对细胞分割、数据预处理及亚细胞结构识别等关键计算任务进行了基准测试，并提出了最佳实践方案。该研究为科研人员提供了独立的性能评价，为分析复杂的三维亚细胞空间图谱提供了重要的技术指导。

References:

• Marco Salas S, Kuemmerle L B, Mattsson-Langseth C, et al. Optimizing Xenium In Situ data utility by quality assessment and best-practice analysis workflows[J]. Nature Methods, 2025, 22(4): 813-823.