So3D 是一个创新的三维空间组学综合资源平台，旨在通过整合多维数据来解析生物组织的复杂结构。该资源汇集了涵盖四个物种的72个空间转录组数据集，包含超过110万个位点和882个组织切片，并匹配了大规模的单细胞RNA测序参考数据。通过其内置的五个核心分析模块，用户可以识别空间域、映射细胞类型分布、发现区域特异性生物标志物以及探索细胞间的通讯网络。研究人员利用该平台能够直观地可视化基因表达的连续空间模式，从而深入理解胚胎发育、器官建成及疾病进展中的分子机制。作为首个跨物种的3D空间组学数据库，So3D 为揭示生理和病理状态下的组织微环境提供了关键的高维研究工具。

References:

• Zhao H, Yin X, Wang S, et al. So3D: a comprehensive three-dimensional spatial omics resource for decoding tissue architecture in physiology and disease[J]. Nucleic Acids Research, 2026, 54(D1): D1281-D1290.