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0第二个难题是时间的问题。与达尔文同时代的英国著名物理学家开尔文用物理学计算地球的年龄只有一千五到三千万年，不足以令进化论成立，这令达尔文很恼火。但开尔文用物理定律所得的结论，达尔文又无从反驳，故他称开尔文为“讨厌的幽灵”。第三，奇妙的人体精密构造和精良生理机制，很难想象是自然演变而产生的，眼睛就是一个好例子。达尔文承认眼睛不可能由自然选择形成，以至于他发表《物种起源》之后，一想到眼睛仍感到害怕。正是从他本人的内心表白中，我们可以清楚的看到达尔文进化论产生的过程，基于少量的观察，提出进化假说，然后选择性的寻找支持其假说的证据，对不利的证据全然不顾。
近年来的研究使得进化论的三大经典证据：比较解剖学、古生物学和胚胎发育的重演律相继瓦解，但是就是这样一个学说——进化论，在产生之后，不但误导人类的思维，僵化了人类的思想，最严重的是败坏了人类的道德。因为它的“生存竞争，适者生存”的理论，被全面引入社会所有的领域，社会达尔文主义使人们以“生存竞争”为借口，在社会交往中，为了私利可以不择手段，可以不顾一切。以至人们的亲情都逐渐淡漠，不断地被金钱关系所取代。特别是使人摆脱了对神的虔诚的正信，人的心中已经没有任何心法来约束人的行为，所以，人类的道德水平一落千丈地快速下滑，受欲望的驱使可以无恶不做。
今天社会的恐怖事件、吸毒、贩毒、色情、欺诈、暴力等等，能说与“进化论”无关吗？进化论产生时正处于两次世界大战之间，社会达尔文主义很快被一些德国哲学家接过去，用于解释战争的起因，标榜战争是“为了人类的生存而举行的进化战”。事实上，这个理论的恶意推进和在德国得到刻意宣扬教育，一个含糊不清的进化论，给种族主义打了一剂强心针。成为民众支持希特勒发动二次大战和屠杀犹太人的重要原因之一。正是有着进化论科学强劲的掩护，那些今天听起来不可思议的种族灭绝理论，在当时才那么振振有辞。
