AI 制药新风口——虚拟细胞,到底是革命还是概念?E.250万物生长FM

AI 制药新风口——虚拟细胞,到底是革命还是概念?E.250

67分钟 ·
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不用养小鼠、反复做湿实验,在电脑里敲除基因、模拟给药,AI 就能预判细胞变化 —— 虚拟细胞正在成为生命科学 AI 领域的风口。

依托单细胞多组学、CRISPR 扰动数据与生物基础模型,叠加 AI 制药资本热潮,陈 - 扎克伯格研究所、Arc Institute 及国内不少科研企业纷纷入局。它有望弥补传统 AI 只预测分子结合、无法模拟胞内药效毒性的短板,减少昂贵的湿实验。

但热度背后存疑:虚拟细胞是复刻真实细胞,还是只输出一张excle(基因表达表)?如何区分它是真懂生物学,还是包装出来的资本故事?这一期,我们来聊聊虚拟细胞的现实与畅想。

内容时间轴:

02:30 虚拟细胞:AI制药的新风口和海内外资本热潮

06:06 对于虚拟细胞,现实与想象中的差距有多大?

08:19 大白话讲讲虚拟细胞是做什么的?

10:15 除了预测细胞变化,虚拟细胞模型还能做什么?

12:32 现在的虚拟细胞模型是如何构建的?

16:44 虚拟细胞发展的历程,以及为什么是现在?

21:44 单细胞数据给虚拟细胞带来了哪些转变

26:27 在药物研发领域,虚拟细胞如何应用?

36:03 虚拟细胞现在走到哪一步了,面临哪些挑战?

41:33 虚拟细胞是生命科学领域的下一个AlphaFold吗?

48:11 转录组数据不完整、因果关系缺失……虚拟细胞还有哪些局限?

56:40 从技术到应用,资本看到了怎么样的未来?

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张红亮-玉米
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小小不小了
小小不小了
18小时前
见过一些虚拟细胞的方案,但还是不太相信,听红亮老师讲讲看
张红亮-玉米
:
我觉得还是非常值得期待的,但是现在因为AI的叙事有点过热了
小小不小了:好的好的,一定认真收听!
虚拟细胞!我来了!转生物信息接触的第一个概念
张红亮-玉米
:
嘿,这不巧了嘛
牟雪艳
牟雪艳
18小时前
早早早呀
张红亮-玉米
:
早☀️
shufecj
shufecj
6小时前
51:21 2020年11月,CASP竞赛的创始人兼组织者约翰·莫尔特(John Moult)收到了当年竞赛的最终得分。他愣了一下:DeepMind的AlphaFold 2得分达到92.4,比历史最高得分高出50%以上。这是莫尔特主持的第十四届CASP竞赛,他从未见过这样的成绩。或许是哪里出了问题?是不是X射线晶体学家所谓的秘密结构已经泄露,进入了DeepMind的训练集?
莫尔特向一位德国同事——著名实验科学家安德烈·卢帕斯(Andrei Lupas)吐露了心声。他们该怎么办?他们如何检验DeepMind令人难以置信的准确率是真实、可靠的?莫尔特和卢帕斯共同设计了一项测试:他们让AlphaFold预测一个不可能存在于其训练集中的结构,因为X射线晶体学此前也未能解开该结构的奥秘。卢帕斯曾尝试破解某些蛋白质,但由于实验方法未能捕捉到结构的关键部分,最终失败了。卢帕斯选择了其中一个蛋白质的氨基酸序列,发送给了DeepMind。
DeepMind回复了答案,卢帕斯将其与自己不完整的X射线图谱进行了比较。果然,AlphaFold 2的预测与卢帕斯通过实验已经确定的蛋白片段完全一致;此外,DeepMind对剩余结构的预测也与他未完成的实验数据高度相符。[插图]结论毋庸置疑:DeepMind通过了一项无法作弊的测试,除非它能逆转时间。
2020年11月30日,CASP竞赛宣布了一条信息,一位计算生物学家称之为“一场彻底且前所未有的变革,其影响之大,简直颠覆了整个领域”。CASP竞赛实现了其最终目标,即让自己失业。“我一直希望能活到这一天,”莫尔特说,“但我并不总是确定自己能等到。alphafold能做到样本外,为什么虚拟细胞不行
shufecj
shufecj
7小时前
31:07 哎,当资本涌入后,这种有用还能延续多久呢?看看数学吧
shufecj
shufecj
7小时前
20:46 在alphafold在蛋白质折叠结构预测已经远超人类的背景下,还如此乐观的认为AI做不到,到底是真无知还是为了自己的职业生涯做无畏的抵抗。
正好最近在关注这方面的论文!感谢分享
Hanny煲仔饭
Hanny煲仔饭
18小时前
广告真多
张红亮-玉米
:
哈哈,借您吉言
豆_97oB
豆_97oB
14小时前
玉米老师,开场音乐🎵建议换一换,不懂音乐,但听着有些肃穆的感觉🙏
我现在能做到的就是:失业不焦虑,平时少熬夜、多走路、别瞎吃,心态放平😋
留言保佑我起飞,顺便抽奖
DiL迪安纳
DiL迪安纳
16小时前
能否介绍一下另外两位不常出现的主播的背景?很专业👍🏻
AmberY
AmberY
17小时前
为什么听感这么AI